Наборы Qiagen (MoBio) для выделения микробиотической ДНК и РНК

Наборы предназначены для выделения нуклеиновых кислот сообществ микроорганизмов из различных биологических материалов и образцов окружающей среды — почвы, сточных вод и т.д. Выделение нуклеиновых кислот происходит за счёт связывания с диоксидом кремния на спин-колонках или в 96-луночных планшетах. Наборы серии DNEasy PowerLyzer и RNeasy PowerLyzer включают необходимые материалы для механической гомогенизации образцов с помощью гомогенизатора PowerLyzer 24. Наборы для выделения ДНК из почвы Наборы предназначены для выделения геномной ДНК микробиоты из почвы, компоста, навоза и т.д. Наборы позволяют получать чистую ДНК грамположительных и грамотрицательных бактерий, грибов (плесень и дрожжи), одноклеточных водорослей, актиномицет и нематод. Особенность данных наборов — эффективное удаление из образца ингибиторов ПЦР, в первую очередь — гуминовых кислот. DNEasy PowerSoil Kit — набор на основе спин-колонок для выделения микробиотической ДНК из почвы и других образцов окружающей среды. Рассчитан на выделение ДНК из образцов массой до 250 мг в течение 30 минут. DNEasy PowerSoil Pro Kit — усовершенствованная версия набора DNEasy PowerSoil, позволяющая выделить до 8 раз больше ДНК из тех же образцов. В выделенной ДНК обнаруживается большее видовое разнообразие, что говорит об одинаково эффективном выделении из различных типов микроорганизмов. DNeasy PowerMax Soil Kit — набор для выделения микробиотической ДНК из образцов почвы массой до 10 г. Предназначен для работы с образцами, содержащими малое количество микроорганизмов.

• DNeasy PowerLyzer PowerSoil Kit — набор для выделения микробиотической ДНК из почвы с помощью гомогенизатора PowerLyzer 24. В состав набора включены пробирки для образцов, содержащие стеклянные шарики для механической гомогенизации твёрдых образцов.
• DNeasy PowerSoil HTP 96 Kit — набор для выделения микробиотической ДНК из большого количества образцов почвы — до 384 образцов за день. Сорбция ДНК также происходит на мембране из диоксида кремния, но в формате 96-луночных планшетов, а не индивидуальных спин-колонок. Предназначен для выделения ДНК из образцов массой до 250 мг.

Наборы и реагенты для выделения РНК из почвы

• RNeasy PowerSoil Total RNA Kit — предназначен для выделения суммарной РНК из образцов почвы, компоста, навоза и др. Для работы с образцами массой до 2 г. Полученная РНК не содержит ингибиторов и пригодна для обратной транскрипции и ОТ-ПЦР.
• RNeasy PowerSoil DNA Elution Kit — предназначен для выделения ДНК из образцов, обрабатываемых набором RNeasy PowerSoil Total RNA Kit. Таким образом, из одного образца можно выделить и РНК, и ДНК в виде раздельных фракций.
• LifeGuard Soil Preservation Solution — реагент для стабилизации РНК в образцах почвы. Образцы после обработки раствором могут храниться при комнатной температуре.

Наборы для выделения нуклеиновых кислот из фекалий

Предназначены для выделения микробиотической ДНК или РНК из кала, кишечного содержимого и твёрдых биологических отходов. Технология выделения эффективно удаляет из препарата ДНК ингибиторы — липиды, полисахариды и гем.

• QIAamp PowerFecal DNA Kit — набор на основе спин-колонок для выделения микробиотической ДНК из кала. Предназначен для образцов массой до 250 мг.
• QIAamp PowerFecal Pro DNA Kit — усовершенствованная версия набора QIAamp PowerFecal DNA Kit, позволяющая выделить до 20 раз больше ДНК из образцов кала и кишечного содержимого (по сравнению с альтернативными методами). В выделенной ДНК обнаруживается большее видовое разнообразие, что говорит об одинаково эффективном выделении из различных типов микроорганизмов. Качество выделенной ДНК позволяет использовать её для NGS-секвенирования.
• RNeasy PowerMicrobiome Kit — предназначен для выделения РНК из образцов кала (в том числе сухих), кишечного содержимого, буккального эпителия и слизи. Полученная РНК не содержит примесей ДНК и ингибиторов.

Наборы для выделения бактериальной ДНК из крови и биологических жидкостей

Наборы предназначены для выделения бактериальной ДНК из крови (в том числе бактериальных культур, выращиваемых из образцов крови), других биологических жидкостей, а также из соскобов слизистых оболочек.

• QIAamp DNA Microbiome Kit — набор для выделения бактериальной ДНК из биологических жидкостей и соскобов слизистых. Методика позволяет убирать из образцов примесь хозяйской ДНК, что повышает эффективность метагеномного анализа.
• QIAamp BiOstic Bacteremia DNA Kit — предназначен для выделения бактериальной ДНК из культур, выращиваемых из образцов крови, кала и слизистого содержимого. Одинаково эффективен в отношении грамположительных и грамотрицательных бактерий. В ходе выделения происходит элиминация ингибиторов ПЦР, например, активированного угля, используемого для адсорбции антибиотиков из крови.

Наборы для выделения бактериальных нуклеиновых кислот из сточных вод

Наборы предназначены для выделения микробиотической ДНК и РНК из осадка, остающегося на фильтрах после фильтрации воды. Эффективно удаляют из препаратов ДНК соли, тяжёлые металлы, органические кислоты и другие ингибиторы.

• DNeasy PowerWater Kit — набор для выделения микробиотической ДНК из воды. Выделение происходит из осадка после фильтрации. Набор совместим с большинством типов фильтров с порами 0,22 мкм и 0,45 мкм.
• DNeasy PowerWater Sterivex Kit — набор для выделения микробиотической ДНК из воды, совместимый с фильтрами Sterviex от Millipore. Предназначен для работы с образцами до 4,5 мл.
• RNeasy PowerWater Kit — набор для выделения РНК из водной микробиоты, включающей бактерии, грибы и одноклеточные водоросли.

Наборы для выделения нуклеиновых кислот из биоплёнок

• DNeasy PowerBiofilm Kit — набор для выделения бактериальной ДНК из биоплёнок, в том числе зубного налёта или бактериальных матов. Методика выделения включает сочетание механического и химического лизиса, что обеспечивает высокий выход ДНК, свободной от ингибиторов.
• RNeasy PowerBiofilm Kit — набор для выделения РНК из биологических плёнок. Сочетание механического и химического лизиса обеспечивает высокий выход, а методика IRT (Inhibitor Removal Technology) — высокую чистоту РНК.

Набор для выделения бактериальной ДНК из пищевых продуктов

• DNeasy PowerFood Microbial Kit — набор для выделения бактериальной ДНК из культур, получаемых из пищевых продуктов. Эффективен в отношении разных типов патогенов (грамположительных и грамотрицательных бактерий, грибов, дрожжей), получаемых из разных продуктов. Набор универсален и не требует оптимизации протокола в зависимости от типа патогена или продукта.

RNeasy PowerLyzer Tissue & Cells Kit — в состав набора входят пробирки с матриксом, предназначенным для гомогенизации образцов с помощью гомогенизатора PowerLyzer 24.

Набор для выделения ДНК и РНК из растительных образцов

Кроме наборов для выделения микробиотической ДНК и РНК Qiagen (MoBio) предлагает набор для выделения ДНК и РНК из растительных образцов — DNeasy PowerPlant Pro Kit и RNeasy PowerPlant Kit. Набор рассчитан на выделение геномной ДНК или суммарной РНК из растительных тканей и семян, включая такие сложные образцы, как листья винограда и земляники, сосновую хвою и листья и семена хлопка. Методика позволяет эффективно удалять из образца полифенолы и полисахариды с помощью реагента Phenolic Separation Solution. Возможно использование набора совместно с гомогенизатором PowerLyzer 24. Для большого количества образцов предлагается версия набора DNeasy PowerPlant Pro HTP 96 Kit для выделения ДНК в формате 96-луночных планшетов. Набор RNeasy PowerPlant Kit также пригоден для выделения микроРНК.

________________________________________________________________________________

Так как в состав микробиома входят не только ДНК, но и РНК-содержащие организмы, для более полной его характеризации необходимо выделять суммарную нуклеиновую кислоту. Для совместного выделения ДНК и РНК из широкого спектра биологических образцов предназначена линейка наборов AllPrep. В основе методики, используемой в наборах AllPrep, последовательная посадка на спин-колонки ДНК, РНК и белков из одного и того же лизата.

• AllPrep Bacterial DNA/RNA/Protein Kit — набор для выделения нуклеиновых кислот и белков из бактериальных культур. Механическое разрушение клеток обеспечивает эффективное выделение как из грам-положительных, так и из грам-отрицательных бактерий. ДНК иммобилизуется при посадке на первую спин-колонку, РНК и белок из проскока – на вторую и третью колонки. Выделенные нуклеиновые кислоты – геномная ДНК, рибосомальная РНК, матричная РНК, микроРНК — по своей чистоте пригодны для любых молекулярно-биологических манипуляций. Для некоторых экспериментов с белками (2-мерного электрофореза) может потребоваться дополнительная очистка от детергентов. Для выделения нуклеиновых кислот и белков из культур грибов предназначен аналогичный набор AllPrep Fungal DNA/RNA/Protein Kit
• AllPrep PowerViral DNA/RNA Kit — набор для выделения тотальной нуклеиновой кислоты бактерий и вирусов из образцов сточных вод, кала, кишечного содержимого и твёрдых биологических отходов — т.е. веществ с большим количеством ингибиторов. Для эффективного выделения ДНК и РНК из твёрдых образцов можно использовать пробирки с матриксом для гомогенизации, входящие в набор.
• Для работы с образцами фекалий рекомендуется набор для выделения нуклеиновых кислот из микробиоты AllPrep PowerFecal DNA/RNA Kit. После механического и химического лизиса на колонке иммобилизуется ДНК, а РНК содержится в проскоке. Проскок наносится на вторую спин-колонку, с которой элюируется чистый препарат суммарной РНК.