Набор для приготовления библиотек для секвенирования определённой (+ или -) цепи мРНК, включающий все необходимые компоненты.
Эти библиотеки предназначены для следующих задач:
- построение точного экспрессионного профиля;
- секвенирование транскриптома;
- выявление и количественная оценка антисмысловых транскриптов и перекрывающихся генов.
С помощью набора
SENSE можно получать библиотеки для секвенирования на платформе
Illumina (также имеется аналогичный набор для
Ion Torrent). Исходным материалом для получения библиотек является суммарная РНК. В состав набора входят индексы i7 (7001-7096) для бар-кодирования, а также предусмотрена возможность использования четырёх внешних индексов i5 (Dual Indexing Add-on Kit, Cat. No. 047). Это позволяет объединять до 384 образцов в одну библиотеку. Всего доступно 9216 комбинаций для секвенирования на платформе
Illumina.
В состав набора входят все необходимые компоненты для подготовки библиотеки:
- набор реагентов для получения библиотеки;
- комплект для обогащения мРНК Poly(A) RNA Selection Kit;
- набор индексов для бар-кодирования Lexogen i7 6 nt Index Set (7001-7008, 7001-7024 или 7001-7096, в зависимости от размеров набора);
- набор с магнитными частицами для очистки РНК;
- дополнительные реагенты не требуются.
При получении библиотеки с помощью наборов
SENSE используется технология замещения цепи stop/ligation. В отличие от технологии переключения цепи в протоколах с фрагментацией, эта технология даёт минимальное количество антисмысловых артефактов, что делает наборы
SENSE незаменимыми при цепь-специфичном секвенировании РНК и выявлении антисмысловых транскриптов.
Входящий в набор
Poly(A) RNA Selection Kit (его можно также приобрести отдельно) обеспечивает эффективную элиминацию рибосомальной РНК. Доля ридов рРНК составляет не более 0.001%.