Набор предназначен для микробного ампликонного баркодирования Microbial Amplicon Barcoding Kit 24 V1 — метод амплификации всего гена 16S рРНК или ITS из выделенной геномной ДНК с использованием специфических праймеров, с последующей подготовкой библиотеки для платформы Oxford Nanopore. Этот набор содержит обновленные праймеры, позволяющие проводить полногеномное секвенирование 16S рРНК для бактериального профилирования и ITS для профилирования грибов из различных типов образцов. Полученные ампликоны маркируются штрихкодами, содержащие 5'-метки, которые облегчают безлигазное присоединение адаптеров для быстрого секвенирования.
Особенности набора:
|
Время пробоподготовки
|
60 минут + время, необходимое для ПЦР
|
|
Требуемое количество ДНК
|
не более 10 нг геномной ДНК
|
|
Необходимость ПЦР
|
да
|
|
Фрагментация ДНК
|
не требуется
|
|
Длина рида
|
около 1500 нуклеотидов (полноразмерный ген 16S и ITS)
|
|
Количество библиотек
|
6
|
|
Версия химии
|
V14
|
* Полные протоколы доступны на сайте
www.nanoporetech.com для зарегистрированных пользователей-участников Nanopore Community.
Обратите внимание, что для использования этого набора вам потребуется приобрести дополнительные реагенты сторонних производителей: см. соответствующий протокол для получения более подробной информации.
Дополнительные расходные материалы и реактивы:
- 1,5 мл пробирки типа Эппендорф с низкой адгезивностью DNA LoBind (Eppendorf 0030108051);
- 0,2 мл тонкостенные пробирки для ПЦР (Thermo FS);
- вода, не содержащая нуклеаз (Thermo FS R0581);
- термолабильная протеиназа К (P8111);
- мастер-микс для ПЦР LongAmp Taq 2X (New England Biolabs M0287);
- свежеприготовленный 70% этанол;
- буферный раствор Трис-HCl 10 мМ рН 8.0 с 50 мМ NaCl.
Дополнительное оборудование:
- настольная микроцентрифуга (например, Eppendorf 5452000018);
- вортекс (например, Biosan BS-010203-AAG);
- магнитный штатив (Диаэм 3336);
- ротационный перемешиватель (например, Elmi RM1L);
- амплификатор;
- набор автоматических пипеток переменного объёма — от 0,5 до 10 мкл (например, Eppendorf 3120000020), от 2 до 20 мкл (например, Eppendorf 3120000038), от 10 до 100 мкл (например, Eppendorf 3120000046), от 20 до 200 мкл (например, Eppendorf 3120000054) и от 100 до 1000 мкл (например, Eppendorf 3120000062);
- наконечники с фильтром к автоматическим пипеткам;
- термоконтейнер со льдом;
- таймер (например, TR118OS).
Опционально:
- флуориметр Qubit (Thermo FS Q33227) или аналогичный;
- система для фрагментного анализа (например, Qsep 100);
- наноспектрофотометр (например, NanoDrop 2000C).
Хранение компонентов набора: ферменты и буферы набора Microbial Amplicon Barcoding Kit 24 V14 необходимо хранить при -20℃.
